Jednym z najsłabiej przebadanych wątków dwuwiekowej historii Ormian w Zamościu są ich dzieje w XVIII wieku. Dla tamtejszej społeczności był to czas niezwykle trudny, charakteryzujący się pauperyzacją ormiańskiego patrycjatu oraz stopniowym traceniem znaczenia w miejskim handlu i rzemiośle. Konsekwencją tych zjawisk był znaczny spadek liczby Ormian, co w 1738 roku doprowadzio do likwidacji ich autonomicznej gminy. Śladem dawnej odrębności pozostawał nadal kościół ormiański, jednak jego stan techniczny ulegał systematycznemu pogorszeniu. W 1749 roku zakupiono blachę na remont uszkodzonego dachu świątyni, ale przez kilka następnych lat nie udało się go przeprowadzić.
W aktach zamojskiego urzędu ławniczego znajduje się ciekawy i nieznany dotąd opis kościoła ormiańskiego oraz należących do niego budynków z połowy XVIII wieku. Opis ten powstał w związku z wizją świątyni przeprowadzoną w środę przed świętem św. Jakuba Apostoła, czyli 24 lipca 1754 roku, przez przedstawicieli urzędu wójtowsko-ławniczego. W skład gremium wysłanego do przeprowadzenia oględzin wszedł wójt zamojski – z pochodzenia Ormianin – Łukasz Derbedroszowicz, jego zastępca Michał Malborski oraz ławnik Marcin Wesołowski. Towarzyszył im pisarz urzędu ławniczego odpowiedzialny za spisanie protokołu. Stan murów świątyni oceniono jako dobry i niegrożący katastrofą budowlaną. Natomiast poważnie uszkodzone były dachy. Zniszczenia były tak duże, że przez dziury dostawała się woda i zalewając sklepienie, powodowała pęknięcia. W nieco lepszym stanie znajdował się dach nad kościelną kopułą, choć zdaniem lustratorów i tak wymagał nowego pokrycia.
Sprawa przeprowadzenia prac remontowych była pilna, ponieważ dłuższe zaniechania mogły poważnie naruszyć sklepienia, które w chwili przeprowadzania wizji były jeszcze stabilne i nie groziły zawaleniem. Również budynki należące do parafii nie przedstawiały lepszego stanu. Ściany wszystkich kamienic kościelnych posiadały liczne zarysowania i pęknięcia. Na narożnej kamienicy zawalił się dach i nie nadawał się już do naprawy. Dachy na pozostałych kamienicach przeciekały, a jedynym wyjątkiem był dach plebanii. I jej stan pozostawiał jednak wiele do życzenia. Ściana tylna od kuchni osunęła się, co z kolei spowodowało przechylenie się komina.
Przeprowadzone w późniejszych latach naprawy miały charakter prowizoryczny i w 1778 roku świątynia ormiańska znów potrzebowała gruntownego remontu. Niemal kompletny brak wiernych sprawiał, że nie znaleziono środków na rozpoczęcie prac. Niszczejąca świątynia została ostatecznie zamknięta przez władze austriackie w 1802 roku, zaś w latach 1826-1827 rozebrana.
Marcin Łukasz Majewski